Dne 5. 10. 2016 vláda ČR schválila návrh novely zákona o vodách pod č. j. 340/16. Tento návrh neobsahuje ustanovení, týkající se změny poplatkové politiky v oblasti odběru vod podzemních a vypouštění odpadních vod do vod povrchových. Svým obsahem tak odpovídá původnímu záměru a tím je zejména implementace legislativy Evropské unie.

Novela upravuje nově převod poplatkové agendy či regulaci geologických prací spojených se zásahem do pozemku. Zaveden je plně i proces posouzení možnosti zhoršení stavu záměrem dotčených vodních útvarů a zpřesněna je definice odpadních vod či oblast závadných a nebezpečných látek. Dotčená byla i ustanovení, týkající se ochrany před povodněmi a záplavových území nebo zpřesněna sankční ustanovení a podmínky vodoprávního dozoru ve vodním zákoně.